2012年11月12日，申报“神经外科与消化内科”等学科为省级重点专科。2013年4月8日，山东省卫生厅公布省医药卫生重点学科、市立医院神经外科、消化内科被评为省医药卫生重点学科；12月27日，山东省卫生厅公布2013年度省级临床重点专科及创建单位名单，市立医院血液内科成为省级临床重点专科创建单位。2014年3月25日，山东省卫生和计划生育委员会公布2014年度省级临床重点专科及建设单位名单，市立医院风湿免疫科成为菏泽市第一个省级临床重点专科。2015年1月9日，菏泽市卫生和计划生育委员会公布菏泽市第一批市级重点专科，医院血液内科、神经内科、呼吸内科、普外科、骨外科、内分泌科、胸外科、妇产科、麻醉科、肿瘤科10个专业科室成为菏泽市第一批临床重点专科；2015年12月5日，菏泽市卫生和计划生育委员会公布菏泽市第二批市级临床重点专科，医院神经外科、心内科、泌尿外科、消化内科、重症医学科5个专业成为第二批市级临床重点专科。
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